药学院成立于2004年2月25日。2004年3月12日揭牌。按照现代药学的学科规范，学院设立了化学生物学系、药物化学系、药剂学系、新药药理学系、天然药物学系、临床药学系和药学实验教学中心。目前，各学系承担全校全日制本科生课程52门，夜大生课程30门。已完成各级各类教育教学改革研究课题22项，目前在研11项。发表教学论文60余篇。学院现有校级精品课程1门，校级优秀教学团队3个，北京市实验教学示范中心1个，荣获校级教育教学成果一等奖2项，北京市教育教学成果二等奖1项，北京市教学名师1人。我院药学专业于2009年4月获批北京市高等学校特色专业，同年获批教育部创新型药学人才培养示范区。